Ich habe mich letztendlich für Kirigakure, also die Soraallianz entschieden, weil ich auf jeden Fall das Kirigakure no Jutsu verwenden wollte. Vielleicht hilft es Dir auch, einmal durch die Premiumninjutsu zu linsen.
Kumo hat ein paar Raitonninjutsu, die nur ein Kumonin lernen kann.
Konoha hat ein paar Ninjutsu ohne Natur und neuerdings auch ein Fuuinjutsu, die man nur bei Konoha lernen kann.
Iwa hat diesen Felsgolem, den man nur bei denen lernen kann.
Kiri hat eben das Kirigakure no Jutsu und die Erweiterung von Zabusa
Ame hat das Regenmacherjutsu.
Dann gibt es auch noch die Taijutsustile, die nur in bestimmten Regionen nutzbar sind.
Vielleicht hilft Dir diese Auflistung ein wenig bei der Entscheidung.